Città della pace e della convivenza delle religioni.
Le tracce più antiche della presenza umana nel territorio risalgono al periodo Neolitico.
Numerosi reperti archeologici indicano che Assisi trae le sue origini da un piccolo villaggio abitato dagli Umbri già nel IX-VIII secolo a.C. Come ci dimostrano i vari reperti archeologici rinvenuti, gli Umbri intrattenevano profondi rapporti commerciali con i vicini Etruschi, stanziati sulla sponda occidentale del Tevere, dai quali differivano, però, per lingua e cultura.
I Romani nel 295 a.C., con la battaglia del Sentino, imposero definitivamente il loro dominio anche nell'Italia Centrale. La città umbra ebbe il nome di Asisium e fu monumentalizzata a partire dal II secolo a.C. Nell'89 a.C. divenne 'municipium' e fu un importante centro economico e sociale dell'Impero romano. Il suo toponimo ha origini prelatine, e conservando un'incerta etimologia viene interpretato in due differenti modi: "città del falco", o dell'"astore", oppure dalla base latina "ossa" ovvero "torrente" con ovvio riferimento al fiume Assino.
Nel corso del III secolo d.C., per l'azione di san Rufino, vescovo e martire, inizia a diffondersi il cristianesimo.
Con il crollo dell'Impero romano anche Assisi conobbe la buia età delle invasioni barbariche e, nel 545, fu saccheggiata dai Goti di Totila. Conquistata dai Bizantini, passò poco tempo dopo (568) sotto il dominio longobardo e venne annessa al Ducato di Spoleto, del quale condivise le sorti fino all'inizio del XII secolo.
Dopo un periodo di guerre, nel 1174 fu assediata e conquistata da Federico Barbarossa, che diede l'investitura della città al duca Corrado di Lutzen, detto anche Corrado di Urslingen: Assisi divenne dominio imperiale, ma sollevazioni popolari nel 1198 inaugurarono ben presto l'epoca comunale, non senza lotte interne e guerre con la vicina Perugia.
Tra il 1181-82 nasce ad Assisi Francesco – figlio di Pietro di Bernardone e Madonna Pica – il giovane troppo lontano da tutte le convenzioni insensate, dallo spirito ribelle ma pronto a dare la propria vita per aiutare quante più persone possibile, i più piccoli, i più poveri, dimenticati da tutti. Francesco, vero santo, incarnazione di Cristo in terra, patrono d'Italia. Con la sua opera, Francesco segnerà la storia di Assisi e dell' intera umanità.
Nel 1198 il popolo di Assisi, stanco delle prepotenze del duca di Lutzen, si ribellò scacciandolo dalla città. Durante la fine della prima metà del Duecento l'Assisi guelfa subì vari assedi da parte delle truppe saracene e tartare facenti parte del grande esercito di Federico II di Svevia. Le truppe imperiali devastarono a più riprese il contado ma la città grazie alla valenza delle sue milizie ed al carisma di Santa Chiara resistette alle incursioni.
Negli anni a seguire Assisi vide alternarsi al controllo della città guelfi e ghibellini. Successivamente la città passò sotto il dominio della Chiesa, dei Perugini, di Gian Galeazzo Visconti, dei Montefeltro, di Braccio Fortebraccio da Montone, passando infine sotto il controllo di Francesco Sforza.
Nel novembre del 1442 Assisi, difesa in quel periodo da Alessandro Sforza, subisce l'assedio delle truppe comandate dal Piccinino. Dopo molti giorni di vani tentativi le truppe assedianti, anche grazie all'aiuto di un frate traditore, riescono a penetrare all'interno della cinta di mura. Assisi viene pesantemente devastata e saccheggiata ma il Piccinino si oppone comunque alla completa distruzione della città rifiutando i 15000 fiorini offerti dai perugini.
Le fazioni de Sopra (schierati con i Ghibellini) e dei Fiumi (della Parte de Sotto legati ai Guelfi) si fronteggiarono fino al XVI secolo quando la conquista dell'Umbria da parte di papa Paolo III restituì alla città un periodo di pace e tranquillità.
A partire dal XVII secolo, grazie alla fondazione di istituti ed accademie, riprende con grande fervore l'attività culturale, interrotta dal periodo delle guerre napoleoniche 1799, quando le truppe francesi al comando di Napoleone Bonaparte saccheggiarono la città e molte opere d'arte.
Nel 1860, con plebiscito unanime, aderì al nascente Stato italiano. L'unificazione permetterà alla città di aprirsi progressivamente all'esterno, grazie anche alla costruzione dello scalo ferroviario.
Con il ritrovamento dei corpi di San Francesco 1818 e Santa Chiara 1850, Assisi diventa meta privilegiata di pellegrinaggi; il turismo religioso dette un forte incremento alla rinascita dell'economia locale.
Il 27 ottobre 1987, su invito del papa Giovanni Paolo II, i principali rappresentanti delle religioni del mondo si riunirono ad Assisi per un incontro di preghiera in nome di San Francesco, profeta della pace come lo definì lo stesso pontefice.