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Già a partire dall'XI o X secolo a.C.
nell'area dove ora sorge la città ci sono tracce dei primi insediamenti preistorici. La leggenda narra che la fondazione di Padova sia avvenuta nel 1132 a.C. per opera di Antenore, un principe troiano scampato alla distruzione di Troia.
L'antica Padova sorse all'interno di un'ansa del fiume Brenta, durante l'antichità chiamato Medoacus Major, che allora scorreva nell'alveo dell'odierno Bacchiglione al tempo chiamato Medoacus Minor o Edrone.
Già a partire dal 226 a.C. gli antichi patavini strinsero un'alleanza con Roma contro i Galli Cisalpini, alleanza poi confermata più volte, in particolare al tempo della Battaglia di Canne 216 a.C. e della guerra sociale 91 a.C., quando Padova e altre città transpadane combatterono al fianco dei romani.
Dal 49 a.C. divenne un municipium romano, e in età augustea entrò a far parte della X Regio, della quale costituiva uno dei centri più importanti. Durante l'epoca imperiale la città divenne molto ricca grazie alla lavorazione delle lane provenienti dai pascoli dell'altopiano di Asiago. Dalla città passavano numerose strade che la congiungevano con i principali centri romani dell'epoca. Sia a nord che a sud della città vi erano estese centuriazioni. In epoca romana, fu patria di Tito Livio, insigne storico romano e
di letterati quali Gaio Valerio Flacco, Quinto Asconio Pediano, Trasea Peto, quest'ultimo ricordo nella toponomastica cittadina.
Nel periodo delle invasioni barbariche fu più volte devastata, prima dagli Unni nel 452-453, poi nel 601 dai Longobardi di Agilulfo, e infine dagli Ungari nell'899.
Nel Basso Medioevo Padova si distinse come Libero comune, partecipando alla Lega Veronese e alla Lega Lombarda contro l'imperatore Federico Barbarossa. A questo periodo risale la fondazione dell'Università
anno 1222, una delle più antiche d'Italia.
Fu poi dominata, a partire dal 1318, dalla signoria dei Carraresi, fino alla conquista da parte della Repubblica di Venezia, avvenuta nel 1405 a seguito della guerra di Padova.
Nei successivi quattro secoli Padova, pur perdendo importanza politica, poté godere della pace e della prosperità assicurata dalla signoria veneziana, nonché della libertà garantita alla sua Università, che richiamò studenti ed insegnanti da tutta Europa, divenendo uno dei maggiori centri dell'aristotelismo e attirando numerosi ed illustri intellettuali, come Galileo Galilei.
Nel 1509, durante la guerra della Lega di Cambrai, Padova dovette subire un terribile assedio, che fu però respinto. Dopo lo scampato pericolo, la Serenissima procedette ad opere di fortificazione, costruendo la cinta muraria che ancora oggi presenta gran parte dell'aspetto originale.
Caduta la Serenissima nel 1797, la città fu ceduta da Napoleone Bonaparte all'Austria. Dopo una breve parentesi all'interno del Regno d'Italia napoleonico, entrò a far parte nel 1815 del Regno Lombardo-Veneto asburgico.
L'8 febbraio 1848 vide un'insurrezione contro il dominio austriaco, guidata in particolare dagli studenti universitari.
Padova entrò a far parte del Regno d'Italia solo nel 1866, in seguito alla terza guerra di indipendenza.
Nella seconda guerra mondiale Padova fu un importante centro della resistenza contro il nazifascismo. Numerosi studenti e insegnanti universitari parteciparono alla lotta partigiana, a cominciare dallo stesso rettore Concetto Marchesi. Per questo motivo l'Università degli Studi di Padova fu premiata con la medaglia d'oro al Valor Militare.
Per visitare la città conviene parcheggiare in Via Prato della Valle (ex Foro Boario), in pieno centro, non lontana dalla basilica di S.Antonio. Indicata come P1
area di sosta n° 2266.