Circa 2.000 a.C., le paludi che circondavano la regione dell'odierna Lubiana iniziarono ad essere colonizzate dalle prime popolazioni che vivevano in edifici di legno su palafitte.
Come tutti gli uomini che vivevano in quel periodo, la caccia, pesca e una primitiva agricoltura
erano le attività che gli consentivano di vivere.
Successivamente l'area fu un punto di passaggio per numerose popolazioni: veneti, seguiti della tribù illirica degli Yapodi e infine dalla tribù celtica dei Taurisci nel terzo secolo a.C.
I Romani costruirono nel corso del primo secolo a.C. il castrum di Aemona. Il forte fu occupato dalla Legio XV Apollinaris.
La città fu distrutta nel 452 dagli Unni guidati da Attila, e in seguito dagli
Ostrogoti e dai Longobardi. Aemona contava circa 5.000 abitanti e questa regione giocò un ruolo importante in molte battaglie. Le case di mattoni e colorate e intonacate possedevano già un sistema fognario.
Nel VI secolo d.C. si insediò il popolo degli sloveni. Nel IX secolo, caddero sotto la dominazione del popolo dei Franchi, subendo spesso attacchi da parte degli ungheresi.Il nome della città, Luvigana, appare per la prima volta in un documento del 1144.
Nel XIII secolo la città è composta di tre zone: Stari trg (centro storico), il Mestni trg (piazza) e Novi trg (città nuova). Nel 1270 entra tra i possedimenti Ottocaro II di Boemia. Rodolfo I d'Asburgo ottiene la città nel 1278.
La diocesi della città è stata fondata nel 1491 e la chiesa di Saint-Nicolas
diviene la cattedrale.
La città, ribattezzata Laibach, apparterrà alla casa d'Austria fino al 1797.
Dopo un terremoto nel 1511, Lubiana viene ricostruita in uno stile rinascimentale ed una nuova cinta è costruita intorno alla città.
La sua popolazione è composta di 5.000 abitanti, di cui il 70% di lingua slovena. Nel 1550 vengono stampati i primi due libri in sloveno compresa una traduzione della Bibbia. Nel 1597 sono i Gesuiti a costruire una nuova scuola che è poi diventato un collegio. La città adotta negli anni seguenti uno stile architettonico barocco.
Il dominio degli Asburgo venne brevemente interrotto durante le guerre napoleoniche e tra il 1809 e il 1813 Lubiana fu la capitale delle Province illiriche del Primo Impero francese.
Nel 1815 la città divenne austriaca e dal 1816 al 1849 fu parte del Regno austriaco d'Illiria. Nel 1821 la città ospitò il congresso in cui sarà definita la geografia europea degli anni seguenti.
Il primo treno da Vienna arriva in città nel 1849 e nel 1857 la linea è estesa a
Trieste. L'illuminazione elettrica arriva nel 1898.
Nel 1895 la città, che conta 31.000 abitanti, è vittima di un grave terremoto di magnitudo 6,1 sulla scala Richter. Il 10% degli edifici è distrutto, anche se si registra un numero di vittime contenuto. Diverse zone della città sono ricostruite in stile Art Nouveau.
Nel 1918, con il collasso dell'Impero Austro-Ungarico, Lubiana passò al Regno dei Serbi, Croati e Sloveni poi tramutatosi in Regno di Jugoslavia.
Nel 1929 divenne la capitale della provincia jugoslava della Dravska Banovina. Durante la Seconda guerra mondiale, la città fu annessa all'Italia nel 1941. Lubiana e il territorio circostante (Bassa Carniola) divennero una provincia italiana della regione Venezia Giulia, con sigla automobilistica LB. Successivamente arrivarono i tedeschi nel 1943. In seguito alla sconfitta dell'Asse, nel maggio 1945, le truppe tedesche e le milizie nazionaliste slovene si arresero all'armata comunista di Tito.
Dopo la Seconda guerra mondiale, la città divenne la capitale della Repubblica socialista di Slovenia e integrata alla Jugoslavia fino all'indipendenza avvenuta il 25 giugno 1991.
La Slovenia ha aderito all'Unione europea nel 2004 con moneta l'Euro.
La città è circondata da un anello verde di circa 30 chilometri (dal 1985, un percorso commemorativo ricorda il recinto di filo spinato con cui gli italiani circondarono la città nella seconda guerra mondiale).