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Il castello fu costruito dai Veneziani nel 1371-74 come guarnigione per imporre l'ordine sulla ribelle regione di Sfakia, per scoraggiare i pirati e per proteggere i nobili veneziani e le loro proprietà.
I veneziani lo chiamarono il castello di San Nicola dopo la vicina chiesa. La gente del posto, tuttavia, che non l'ha mai visto in una luce positiva, lo ha soprannominato Francokastello, intendendo il Castello dei Franchi (cioè gli stranieri Cattolici), Castelfranco o Franco Castello. Il nome
dato dai locali alla fine fu adottato anche dai veneziani.
Secondo la tradizione locale, quando soldati e costruttori giunsero nella fertile pianura per iniziare la costruzione del castello, gli sfaciani locali, guidati da sei fratelli Patsos dal vicino insediamento di Patsianos, distruggerebbero ogni notte ciò che i veneziani costruivano durante il giorno.
Il castello ha una semplice forma rettangolare, con una torre ad ogni angolo e i resti di uno stemma veneziano sopra il cancello principale. Gli edifici all'interno delle mura, così come i bastioni, furono costruiti durante l'occupazione turca ottomana.
Nel 1770, il ribelle cretese Ioannis Vlachos, altrimenti noto come Daskalogiannis, fu catturato a Frangokastello dalle forze turche. Successivamente fu torturato e giustiziato a Iraklio.
Il 17 maggio 1828 fu celebrata una famosa battaglia a Francokastello. Centinaia di Sfakiot ed Epiroti guidati da Hatzimichalis Dalianis, un patriota greco dell'Epiro che tentava di estendere la guerra d'indipendenza greca dalla terraferma a Creta, occuparono il castello, ma furono assediati dai turchi e massacrati. Tuttavia, molti dei turchi furono poi uccisi da un'imboscata dei ribelli lanciata dalle gole locali.
Secondo la tradizione, in occasione dell'anniversario della battaglia di maggio, le ombre dei soldati armati cretesi ed epiroti che hanno perso la vita lì sembrano marciare verso la fortezza all'alba. Questi sono chiamati Drosoulites, o dew-men, e sono stati spiegati come un fenomeno meteorologico.