Secondo Tucidide (generale e storico greco), fu fondata dagli esuli troiani, che fuggendo dopo la distruzione della loro città avrebbero trovato qui il posto ideale e dato vita al popolo degli Elimi.
Insieme a Segesta, che parrebbe di fondazione coeva, era la città più importante nella zona abitata dagli Elimi.
Durante la prima guerra punica, il generale cartaginese Amilcare ne dispose la fortificazione, e da qui difese Lilibeo (Marsala).
Il tempio posto alla sommità del monte i Fenici vi adoravano Astarte, i Greci Afrodite ed i Romani Venere.
Sulle rovine del Tempio sorge ancora oggi il Castello di Venere, fortificato durante la dominazione normanna; è adiacente ai giardini del Balio dominati dalle torri medioevali.
Dal 1963 è sede del Centro di cultura scientifica Ettore Majorana, dedicato agli studi scientifici, istituito per iniziativa del professor Antonino Zichichi.
Nel 1990, a seguito della prima edizione dell'"Atelier Internazionale di Gastronomia Molecolare", si ebbe il formale riconoscimento della gastronomia molecolare, la disciplina scientifica che studia le trasformazioni che avvengono negli alimenti durante la loro preparazione. Da allora regolarmente si tengono convegni annuali.
Peccato che la magia del centro storico venga disturbata dalle automobili!