Il luogo dove sorge la città fu scelto da alcuni coloni greci. Il suo nome dal greco Agation (buon porto) per la favorevole posizione geografica. Successivamente, sotto l'occupazione romana prese il nome di Adiacium e poi Ajax. Con la caduta dell'impero, fu conquistata prima dai Vandali, poi dai Longobardi.
All'epoca delle repubbliche marinare, venne occupata dai pisani e poi dai genovesi, che nel 1492 vi costruirono una cittadella fortificata, progettata dall'architetto milanese Cristoforo de Gandino, e la popolarono di cento famiglie della Lunigiana, tra cui i Buonaparte, che arrivarono ad Ajaccio nel 1510. In seguito si ingrandì anche grazie all'afflusso di abitanti provenienti dalle zone interne dell'isola.
Fu occupata una prima volta dai francesi dal 1553 al 1559 e restituita ai genovesi con la pace di Cateau-Cambrésis. Nel Settecento divenne una roccaforte degli indipendentisti di Pasquale Paoli, ma nel 1768 fu occupata dai francesi in seguito al Trattato di Versailles.
La città è diventata famosa perchè nel 1769 vi nacque: Napoleone Bonaparte.
Il museo più importante è il Museo Fesch.
Si trova nell'ottocentesco palazzo Fesch e custodisce una vastissima collezione di opere d'arte, comprendente dipinti, sculture, mobili, oreficerie e oggetti per uso liturgico. La raccolta di dipinti italiani è la seconda in Francia, dopo quella ospitata al Museo del Louvre.
Le opere d'arte vanno dagli artisti italiani del XIV secolo, fino ai corsi del XX secolo.
Tra le opere di maggior rilievo, sono presenti dipinti di Bernardo Daddi, Lorenzo di Credi, Giovanni Bellini, Jacopo del Sellaio, Sandro Botticelli, Perugino, Tiziano, Paolo Veronese, Ventura Salimbeni, Rutilio Manetti.
La scuola nord europea e fiamminga è rappresentata da van Dyck, van Aelst, Berchem, Mengs.
Sono esposte anche opere di molti scultori, tra cui di Antonio Canova, Lorenzo Bartolini, Jean-Baptiste Carpeaux.