Numerosi sono i resti di epoca romana, come ad esempio la pietra miliare di Castelbadia, ritrovata direttamente sulla statale, indicava ai legionari romani il cammino nella valle da Aquileia attraverso Auguntum. Nel VI sec. d. C. apparvero i primi bavari, che dopo sanguinose battaglie contro gli slavi divennero i nuovi dominatori della regione.

Il duca Tassilo III fondò nel 769 d. C. l'abbazia di San Candido.

Nel 1091 l'imperatore Enrico VI donò la zona della futura città di Brunico al principe-vescovo di Bressanone Altwin.

La città di Brunico e il castello furono edificati nel 1250 dal vescovo Bruno di Bullenstätten e Kirchberg, per garantire la sicurezza dei suoi beni e dei territori.
Nel 1256 troviamo per la prima volta traccia in un documento il nome dell'insediamento "apud Bruneke".

La città crebbe grazie al commercio e un fiorente artigianato.
Agli inizi del XV secolo risale la nascita della pittoresca Via Centrale.
Purtroppo a causa di alcuni disastri naturali: grandi inondazioni nel XIV e nel XIX secolo, la peste nel 1543-1544, alcuni incendi e terremoti distrussero più volte la città. Brunico però venne ogni volta ricostruita.

Negli anni tra il 1814 e il 1914: cominciarono a diffondersi il turismo e l'alpinismo; nel 1871 venne inaugurata la ferrovia pusterese.